《指導意見》提出了煤礦整頓關閉工作的指導原則，即：貫徹胡錦濤總書記在中央政治局第三十次集體學習時的重要講話精神和全國安全生產工作會議總體部署， 依據有關法律法規、標準、“十一五”規劃和煤炭工業產業政策，堅持“安全第一、預防為主、綜合治理”的方針，綜合運用法律、經濟和必要的行政手段，深化煤礦整頓，消除事故隱患；依法取締關閉，淘汰落后生產能力；規范資源整合，促進結構調整；加強安全管理，落實主體責任；實行聯合執法，強化監督監察。爭取用三年左右時間，基本解決小煤礦發展過程中存在的數量多、規模小、辦礦水平和安全保障能力低、破壞和浪費資源嚴重、事故多發等突出問題。通過堅持不懈的努力，全面提升煤礦安全生產保障能力，促進煤炭工業結構調整；有效遏制重特大事故，減少傷亡人數，實現煤礦安全生產狀況的穩定好轉。

　　《指導意見》提出了煤礦整頓關閉工作的基本目標：自2005年7月至2008年6月，爭取用三年時間實現“一個好轉、兩個減少和三個提高”的目標。

   一個好轉：采礦秩序明顯好轉。基本消滅非法開采、違法違規生產、建設、破壞浪費資源、污染環境和布局不合理的煤礦。

　　兩個減少：一是小煤礦數量大幅度減少，力爭控制在1萬處左右，單井平均規模在9萬噸/年以上，產業結構趨于合理；二是小煤礦事故總量大幅度下降，特別重大事故得到有效遏制，小煤礦百萬噸死亡率力爭控制在4以下。

　　三個提高：一是小煤礦資源回收率明顯提高，采區回采率達到國家規定標準(厚煤層75%,中厚煤層80%,薄煤層85%)以上，破壞和浪費資源的現象基本得到控制；二是小煤礦裝備水平明顯提高，基本實現正規開采，采掘機械化程度達到20%以上，全部裝備安全監控系統；三是小煤礦安全管理水平和從業人員技術素質明顯提高，設置安全管理機構，配齊安全管理人員，各項規章制度齊全，從業人員文化程度達到初中以上，特種作業人員達到高中以上，主要負責人和經營管理人員達到中專以上。

　　《指導意見》提出了煤礦整頓關閉工作原則上分為以下三個階段：第一階段：（2005年7月～2006年6月）以整頓關閉為工作重點。第二階段：（2006年7月～2007年6月）以整頓關閉和煤炭資源整合為工作重點。第三階段：（2007年7月～2008年6月）以政策治本，強化礦井安全管理，落實企業安全主體責任為工作重點。

　　《指導意見》提出了煤礦整頓關閉工作重點：（一）嚴厲打擊非法開采行為，嚴防已關閉礦井死灰復燃。對非法開采和已關閉擅自恢復生產的礦井（礦點）發現一處，取締一處，并依據有關規定依法查處相關責任人；非法掛靠礦井一律予以關閉；發現同一個礦井1年內2次或2次以上超層越界開采的，一律予以關閉；非煤礦山違法從事煤炭開采的，一律予以關閉。（二）限期關閉和淘汰不具備安全條件的礦井 。（三） 嚴格控制新建礦井的規模和數量。

　　《指導意見》提出了煤礦整頓關閉工作的保障措施：進一步統一思想，堅定信心，打好煤礦整頓關閉工作攻堅戰；加強組織領導，完善工作機制；制定三年規劃，明確工作目標；完善聯合執法機制，落實部門職責；研究制定相應的經濟政策。